Minęły trzy lata, od kiedy 2% światowej populacji zniknęło bez śladu w niewyjaśnionych okolicznościach. Żaden kraj, żaden stan, żadne miasto nie zostało oszczędzone, za wyjątkiem jednej małej miejscowości we wschodnim Teksasie. To właśnie tutaj rozgrywa się akcja drugiego sezonu, skupiona na losach dwóch rodzin: Garveyów, którzy osiedlają się w Miracle w poszukiwaniu odrobiny spokoju oraz lokalnej rodziny Murphych, na pozór nietkniętej przez tragedię. Ale nawet w „cudownym” miasteczku nie da się uciec przed przeszłością…